The Clinic passa no ano de 1978. Uma jovem futura mãe, Beth, está viajando com seu noivo Cameron. Depois de evitar um acidente na estrada, eles param em um motel na pequena cidade (fictícia) de Montgomery. Cameron sai para passear à meia-noite e volta para encontrar sua noiva desaparecida. Após uma rápida pesquisa, Cameron chama a polícia local.
Após a chegada da polícia, Cameron ataca o dono do motel por frustração e as autoridades o prendem. Mais tarde, ele tenta escapar e é morto em um acidente de carro. Beth depois acorda nua em um armazém abandonado, deitada em uma banheira cheia de gelo e água. Ela descobre uma cicatriz de cesariana no abdômen e percebe que seu bebê foi roubado.
Ela também encontra uma bata branca com o número romano DCVIII escrito no peito. Sozinha e com medo de seu filho, Beth vagueia para fora da instalação, onde encontra outras três mães que também foram sequestradas e tiveram seus nascituros removidos cirurgicamente. O grupo encontra outra mulher, quase viva, com o útero cirurgicamente aberto, que declara seu filho "azul".