Nos últimos anos de vida do boxeador, Muhammad Ali teve a doença de Parkinson, diagnosticada no início da década de 1980. Em 2010, foi a Israel para tratar a doença. O trabalho foi feito com células-tronco adultas. Os testes até então realizados com ratos tiveram sucesso, mas sua eficácia em seres humanos ainda será testada. Em 2001, Will Smith interpretou Muhammad Ali no filme Ali.
Por diversas vezes, anunciou-se a luta entre Ali, o campeão mundial dos profissionais, contra o cubano Teófilo Stevenson, campeão mundial dos amadores e campeão olímpico, mas, devido a problemas técnicos e políticos, essa luta jamais ocorreu. Em 2010, Muhammad junto com a cantora Christina Aguilera fizeram a propaganda em prol das vítimas do terremoto que destruiu o Haiti.